L’auto-contrôle ainsi défini a deux objectifs, l’un en interne, l’autre en externe.

Pour l’entreprise c’est un moyen de gestion de la qualité sanitaire des produits qu’elle élabore ou distribue. Dans ce cas, l’efficacité des auto-contrôles réalisés doit être optimisée en termes d’action sur le process, de pilotage de la fabrication. Par ailleurs, clients, mais aussi administrations de contrôle, ont besoin d’avoir confiance dans la capacité de l’entreprise à maîtriser la qualité sanitaire de ses produits. C’est le deuxième objet de l’auto-contrôle, il conduit encore plus que le premier à l’établissement d’enregistrements. Ces deux rôles ne conduisent pas automatiquement aux mêmes types de contrôle, le second pouvant s’approcher de plus près de l’assurance qualité au sens des normes ISO 9000.